《新．超人力霸王 + 超人力霸王：再見了！超人力霸王》巨型不明生物體「禍威獸」接二連三經常出現，牠們在日本已顯得見怪不怪。 普通的彈藥完全難以擊潰牠們，幾乎束手無策的日本政府集結了對付禍威獸的專家，正式成立「禍威獸特設對策室」，也就是全稱為「禍特對」的特別應變小組。 主導任務的精銳部隊核心成員還包括：組組長田村君男 (西島秀俊 飾) 、戰略性規劃師神永新二 (齋藤工 飾) 、非光子化學家瀧明久 (有岡大貴 飾) 、生物體學家船緣由美 (早見朱莉 飾) 。

就在禍威獸的損害加劇前夕，大氣層外忽然飛到一個金色的獨眼。 禍特對小組重新加入專門負責管理獨眼的分析官淺見弘子 (長澤雅美 飾) ，她和神永組成搭擋行動。 淺見的調查報告中寫著…「超人力霸王、身分不明」